Using the ‘rentrez’ R Package to Identify Repository Records for NCBI LinkOut

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Referencia bibliográfica

LEE, Yoo Young; [et al.]. 2017. Using the ‘rentrez’ R Package to Identify Repository Records for NCBI LinkOut. Code4Lib Journal [en línea], n. 38. ISSN 1940-5758. [Consulta: 30 noviembre 2017]. Disponible en: http://journal.code4lib.org/articles/12792

Resumen original

In this article, we provide a brief overview of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) LinkOut service for institutional repositories, a service that allows links from the PubMed database to full-text versions of articles in participating institutional repositories (IRs). We discuss the criteria for participation in NCBI LinkOut for IRs, current methods for participating, and outline our solution for automating the identification of eligible articles in a repository using R and the ‘rentrez’ package. Using our solution, we quickly processed 4,400 open access items from our repository, identified the 557 eligible records, and sent them to the NLM. Direct linking from PubMed resulted in a 17% increase in web traffic.

Resumen

La Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) vincula desde 2017 los registros de PubMed con las versiones de acceso abierto de artículos en repositorios institucionales (IR), mediante el servicio LinkOut del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI).

Indiana University - Purdue University Indianapolis (IUPUI) es un campus que utiliza IUPUI ScholarWorks como un repositorio institucional, ejecutado desde Dspace. En él, todos los bibliotecarios del campus colaboran en alcanzar y asistir las obras de dicho repositorio. IUPUI ScholarWorks da acceso abierto a más de 12.000 contribuciones, que ha aumentado considerablemente en los últimos años con un mayor depósito de artículos académicos por parte de los autores de la facultad. Todo ese cambio fue debido a una política de acceso abierto de exclusión basada en la Política de Acceso Abierto Modelo de Harvard, (Política de acceso abierto de IUPUI, 2014). Según la política, los autores conservan los derechos de autor de los artículos académicos y aceptan depositarlos en el repositorio IUPUI ScholarWorks. Además si los autores se niegan a participar en ella optan por realizar trabajos individuales. Todo ello, para fomentar la publicación en acceso abierto de la forma más sencilla posible.

En cuanto al servicio LinkOut, se trata de un servicio que da acceso directo entre las bases de datos NCBI de NLM a información y servicios de instituciones u organizaciones externas. Además permite incluir enlaces a publicaciones de texto completo en los registros de citas de PubMed.

El servicio LinkOut de NCB permite la vinculación entre artículos de texto completo y PubMed, encontrados en repositorios institucionales (IR) permitiendo a los usuarios acceder sin dificultad a los repositorios de acceso abierto. En los requisitos que se deben de disponer para poder participar en NCBI LinkOut para IR, se requiere información básica (nombre, URL...), documentación sobre la política de derechos de autor del IR e identificación, del número de artículos que tener una cita de PubMed y no disponer de ninguna publicación gratuita disponible en PMC. Además de disponer de al menos 1000 artículos con citación de PubMed. Estos requisitos pueden presentar una barrera a la hora de participar en un IR en LinkOut, por ello se han planteado que la solución más sencilla es buscar manualmente en PubMed para determinar: si un artículo tiene un registro de PubMed y si ese artículo está vinculado a la publicación de texto completo en PMC. Aunque su uso requiere más tiempo al ser necesario un corpus con más de 1000 elementos.

En cuanto a la solución propuesta por NLM, permite identificar artículos en un IR que son elegibles para su inclusión en el servicio LinkOut.

La solución propuesta en el siguiente artículo se basa en R, un lenguaje de programación de código abierto para el análisis de datos. Usa dos paquetes que no sean R base, rentrez y plyr, ayudando a automatizar el proceso para buscar DOI y devolver sus identidades de PubMed (PMID) asociadas y las identificaciones de PubMed Central (PMCID).

El paquete rentrez permite a los usuarios de la comunidad R interactuar con las utilidades electrónicas NCBI directamente en el entorno R. Además proporciona funciones que se comunican con E-Utilities a través de una API REST.

Observamos, que con el uso del paquete 'rentrez' para R y la API Entrez Utilities del Centro Nacional de Información Biotecnológica de la NLM (NCBI) seleccionamos registros de repositorios de forma eficaz y concreta para incluirlos en el programa NCBI LinkOut for IRs.

Además con la inclusión de enlaces en PubMed a una versión de texto completo de un artículo en un repositorio, se fomenta su publicación en acceso abierto por parte de los miembros del campus IUPUI.

Comentario

LinkOut además de disponer del vínculo de sus publicaciones a texto completo, proporciona el acceso a otros tipos de información relacionada con la salud, herramientas de investigación, enlaces a bases de datos y repositorios biológicos. Por lo que observamos que se trata de un servicio muy completo, aunque plantea problemas a los usuarios debido a su complejidad. En cuanto a NCBI LinkOut para IR, el gran problema que presenta son los requisitos necesarios para poder participar, mencionados anteriormente. En cuanto a la solución planteada en el siguiente artículo es muy beneficiosa, pudiendo observar el considerable cambio con un aumento de un 17% de los enlaces de PubMed.

Referencias



Usuario:Itziar (discusión) 30 nov 2017